El Capitan では新機能 System Integrity Protection (SIP or Rootless, cf. https://support.apple.com/en-us/HT204899) が導入されていますが、これによってルート権限でも次のようなディレクトリ以下に書き込みができません。
/System /usr /bin /sbin Apps that are pre-installed with OS X
これによって Homebrew や TeX を常用する Mac ユーザーの間で一時期大きな話題となっていたようです。Mac の設定を行うのが久しぶりの私は、この辺の話題をまったく知りませんでした。詳しくは、